"Devis" émis par entreprise de bâtiment après travaux

Bonjour,

J'écris ce message sans être bien sûr qu'il soit dans la bonne catégorie, merci de le changer de place si besoin.

Nous avons avec ma compagne réceptionné notre maison il y a environ 2 mois, et décidé de faire faire une partie des travaux par une entreprise (carrelages, sanitaires, etc), nous gardant le plus "simple" pour nous (parquets flottants, peintures de couleur...).

Cette entreprise a donc initialement émis un devis d'environ 12.000€ que nous avons accepté dès l'année dernière, et est venue à deux reprises sur place au moment de la réception pour faire l'état des lieux avant de commencer les travaux.
Les travaux ont depuis bien avancé, sauf qu'il y a quelques jours, cette entreprise nous a envoyé un "devis de travaux complémentaires" pour la somme de près de... 3000€. 

Si je ne conteste pas la somme et le bien-fondé de ce supplément, je suis quand même très surpris que l'entreprise en question envoie ceci sous forme de "devis" (puisque les travaux sont déjà réalisés), et que cela n'ait jamais été abordé en amont, alors que comme je le disais avant l'entreprise est passée sur le chantier au moment de la réception et il n'a jamais été fait mention d'un tel supplément.

Qu'en pensez-vous ?

Merci pour votre aide