Récupérer ses CEE dans le cadre de travaux d'amélioration énergétique

Bonjour,

en 2014 j'ai contracté avec la société baoene (35) un projet de rénovation énergétique globale (ITE, Combles perdus, Menuiseries, VMC)

Le prestataire avait alors évalué la prime CEE à 2000€ et il en faisait un très bon argument commercial.
Il m'avait bien entendu déconseillé de passer par les "obligés" classiques (leclerc, edf, carrefour, total ...) arguant qu'en tant que professionnel il pourrait faire fructifier ses cee sur les marchés spécialisés.

Quasiment 2 ans après, après avoir fait face à de nombreux déboires et beaucoup de problèmes administratifs (cf mes autres posts sur le forum), cette société m'indique, le plus naturellement du monde : 

[font="trebuchet ms",sans-serif]En ce qui concerne la prime CEE, malheureusement des contraintes administratives indépendantes de notre volonté ont conduit au refus de votre dossier auprès des obligés gérant les primes.

Depuis, j'ai compris que les CEE étaient au final une belle *******.

Mais que me conseilleriez-vous de faire ?
Quelqu'un a t'il déjà vécu ce type de situation ?

Merci d'avance pour vos éclairages.
http://baoene.blogspot.fr/