Question arases maison pas d'équerre

Avant la réflexion du toit 





Après la réflexion 




Bonjour
J'ai une question ma belle mère refait sa toiture en M avec un couvreur professionnel qui lui a refait toute la toiture. 

Au niveau des arases la maison n'est pas droite et n'est pas d'équerre. On a constaté en haut du tout ce trou dans la maçonnerie. Je lui ai demandé si c'était normal il m'a répondu ceci :

"C est normal je vous apelle demain pour les explications car le bâtiment est pas d'équerre par rapport au arrases donc dont l alignement de charpente nous avons une petite ouverture qui est présente sans pour autant permettre une entrée d eau.
Si cela pose problème une solution est faisable sur devis. 
Cordialement"

En gros il faut repayer pour que le trou soit bouché.. j'ai peur qu'en cas de vente ou de fortes pluies ça coule dans la toiture. Est il possible que le vent puisse entrer dedans et soulever par en dessous le toit ?

Je précise que la maison est vieille et n'a pas été très bien entretenue. Mon beau père pense qu'il est même possible d'avoir des pigeons ou des oiseaux dans le toit et qu'il faut que le trou soit bouché par le couvreur pour garantir l'étanchéité.

Enfin au niveau de la décennale et de l'attestation d'assurance je l'aurai au même moment que le paiement du solde définitif. Ça me parait louche, il reste 10% a régler est ce que je suis en droit de faire une faire une retenue ?

L'entreprise a fait des immeubles en plein centre ville y compris des commerces je psychote un peu pour rien peu être mais ça me.paraot un peu bizarre.

Bref qu'en pensez vous ?  La maçonnerie est a la charge du couvreur ?
Merci