Présence d'eau sous l'étanchéité d'un toit-terrasse

Bonjour à tous, 

Après avoir effectué plusieurs recherche sur internet, je n'ai pas réussi à trouver de conseil clair sur ce sujet. Je me permets donc de solliciter votre avis : 

Je suis actuellement en cours de rénovation totale dans une maison qui a un toit terrasse. L'étanchéité a été réalisée en 2017 et se compose d'un pare vapeur bitumeux, de 120mm d'isolant polyuréthane et d'une étanchéité bicouche en complexe bitumineux élastomère. 

En changeant la porte d'accès, l'ancienne porte est tombée sur le toit alors chauffé par le soleil, ce qui a créé un entaille d'environ 1 cm x 5 mm jusqu'à l'isolant. Pour éviter une éventuelle fuite j'ai rebouché ce défaut en appliquant un mastic bitumineux spécialement conçu pour les réparations de toitures (avec application de primaire). 

Seulement voila le soucis : le temps que je commande le produit, la pluie est tombée et malgré le dispositif d'étanchéité provisoire, de l'eau s'est infiltrée sous l'étanchéité. Autour de la réparation on entend un bruit de chaussure mouillé ... Pour le moment nous n'avons eu aucune fuite en dessous, mais je me pose quand même les questions suivantes : 

La présence de cette eau est-elle un problème ? Si oui comment dois-je procéder pour le régler ? 

Merci d'avance à ceux qui me permettront de dormir un peu mieux la nuit 

Bonne journée, 
Cordialement, 

Mat