Appels de fonds non payés, RAR et réunion de chantier : conseils

Bonjour à tous, j’ai besoin de votre aide.
Je construis seule et même si je n’ai pas le caractère à me laisser faire, le manque d’expertise dans la construction et le fait que je sois une femme me laisse pensé que le chef de chantier va essayer de faire passer des choses. Mon père est à mes coté mais il n’est pas expert non plus.

Pour l’instant les relations avec le chef de chantier sont plutôt bonnes, et j’aimerai qu’elle le reste mais sans me faire avoir.
Voici un peu mon histoire.
Premier coup de pelle en janvier dernier. Le maçon a déserté le chantier pendant 4 mois, la dalle a seulement été coulée en mai par un nouveau maçon. Dans la foulée ils ont monté les murs puis un mois après la charpente.
Avant le départ en congé du chef de chantier la sous toiture a été posé ainsi que les fenêtres, mais pas les appuis de fenêtres et porte.
Ainsi il a pu entreposer tout le matériel pour faire l’isolation et le plancher du 1er étage (en bois).

Pendant les congés les appuis de fenêtres devaient être montés et l’isolation faite.
Au retour du congé du chef de chantier, rien a été fait (appuis de fenêtres et isolation).
Ils ont couvert la toiture, puis la semaine dernière ils ont posé tant bien que mal les appuies de fenêtres (avec les fenêtres et portes posées). Est-ce que vous voyer un problème quelconque à cette façon de procéder ?

Aux appels de fond "élévation des murs", "hors d'eau" et "hors d'air", qui était envoyé très en amont de la réalisation des travaux et qui se sont réalisé de façon anarchique je ne les ai pas honorés car pas de visite de chantier. Et je n’étais pas d’accord avec certaines choses, qq ouvertures de fenêtres de mauvaise dimension, qq évacuation pas au bon endroit.
J'ai vu dans le forum que j'aurai du envoyer une lettre RAR (seulement au constructeur ?) Signifiant le non-paiement des appels de fond ?
Le constructeur peut il me demander des intérêt pour non paiement ou autre chose ?
Puis-je rattraper le coup ? Si je mets pour motif lors de la (première) réunion de chantier : pour elevation, hors d'eau, hors d'air, suis-je couverte ?
Par ailleurs j'ai téléphoné au chef de chantier la semaine dernière pour lui signifier que je voulais qu'il change la porte d'entrée car on constate qu'elle a déjà servi avant (présence d'enduit) et en plus il y a un « chtar". ». Celui-ci veut me la refourguer dois je insister ?

Pour l'instant il ne me parle pas de réunion de chantier, dois je lui envoyer une lettre RAR ?
Par ailleurs, étant donné que je ne n’ai pas eu encore de réunion de chantier, pouvez vous me dire comment cela se passe ? Quels documents remplir ? Je flippe un peu !

Je vous remercie beaucoup de votre aide, je me sens un peu dépassé !