Probleme sur facture de carrelage

Bonsoir à tous,

Nous avons commandé du carrelage dans l'entreprise X pour environ 5 000 € de devis (devis signé en 09/2011).
Nous avons signé un protocole d'accord avec notre maître d'oeuvre concernant notre maison BBC pour erreur faite sur le chantier.
Le MO a pris en charge 2 500 € du devis (soit 50%).
Lors de la livraison du carrelage (11/2011), nous avons eu une surprise. Nous devions seulement 1 500 € de factures sur les 2 500 €.
Nous avions entre les mains notre facture (1 500 € TTC) et celle de notre MO (sans montant dessus).
Ne voyant aucun montant sur celle du MO, nous avons pensé qu'il avait eu un meilleur tarif et que dans ce cas notre facture en était diminué.
Nous sommes repassés à plusieurs reprises chez l'entreprise X pour recommander du carrelage sans qu'il nous dise quoi que se soit.
Aujourd'hui, la directrice de l'entreprise X nous appelle pour dire que sa secrétaire s'était trompée.
Elle avait facturé 3 500 € notre MO au lieu des 2 500 €. Elle fait un avoir à notre MO et nous demande de payer la différence.
De notre côté, nous ne sommes pas d'accord sur le fait de payer car nous étions dans l'incapacité de vérifier le montant du devis avec les 2 factures.
Elle nous dit que le devis signé était de 5 000 €, alors nous devons payer la différence (soit 1 000 €).

Qu'en pensez-vous?
Est-ce une faute de leur part?
Sommes nous dans notre droit de ne pas payer?

Merci d'avance pour vos précieux conseils.