Absence de la Certificat de conformité

Bonjour, 

Nous avons acheté une maison VEFA en 2017.
La maison a été livrée en Aout 2020. Nous avons demandé plusieurs fois à notre constructeur le certificat de conformité et la réponse a été toujours  que le dossier était en cours. 
En juillet 2021, le constructeur nous a transmis seulement  un émail de sa demande sur le dépôt de demande de la certificat conforme. 

Nous avons fait la confiance à notre constructeur pour attendre d'avoir le certificat afin que nous puissions déposer un dossier de demande préalable pour un autre projet de notre coté. En mars 2022,  un surprise pour nous :  la mairie nous a répondu qu'il y avait jamais reçu la demande de notre constructeur.

Après plusieurs recherche, il s'agit la faute de constructeur de demander le certificat conformité sur une mauvais numéro de construction. 
Donc, le juillet 2022, notre constructeur a redéposé la demande. mais vous imaginez que nous avons installé dans notre maison depuis 2ans , il y avait des changements  par rapport au plan initial et ça ne plait pas à la mairie suite à leur visite.
C'est pour ça , le certificat de conformité est refusé.

Notre question, aujourd'hui, nous avons dépassé 3 ans de la validité de la permis de construction, que fais t - on?
- contacter un huissier pour demander à la constructeur de déposer une permis de modification? 

- si notre constructeur est radié, est ce que nous pouvons déposer par nous même la permis de modification?
- la permise de modification doit être établi par un Architect? 

Merci pour votre réponse, 

Cordialement,