Restauration de murs anciens

Bonjour,

La maison a plus de 75 ans.
Je souhaite restaurer son sous sol qui est sujet à beaucoup trop d'humidité (85% et plus), ce qui se ressent dans toute la maison.
L'ancien propriétaire avait enduit tous les murs de ciment et rejointoyé certaines zones entieres avec du ciment.
J'ai commencé à procéder au retrait de ces joints ciment et aussi à décaper/ rogner les facades des pierre pour faire disparaitre le ciment totalement. J'ai rencontré plusieurs choses : du salpètre, du calcaire et probablement de la moisissure (d'ailleurs pour certaines il y avait une combinaison des 3 le calclaire, par dessus le ciment, derrière lequel c'était noir), certaines pierres semblent avoir des microalvéoles verdatres. 

Ma question est de savoir si je peux/dois traiter et/ou apporter une protection à ces pierres à mes pierres constituant mes murs interieurs avant de les rejointoyer ?
N'ayant pas d'expertise dans les murs anciens en pierre, ce qui m'inquiète c'est que pour certaines sont aussi facile à tailler qu'un argile sableux avec une simple truelle tandis que que d'autres sont plus denses et pour lesquels il faut plutot sortir le burin.


L'état d'un mur avant et après pour illustrer les traces d'humidité et le ciment retiré



Enfin une photo du rendu "finalisé" du retrait de 3cm de jointoiement.


En bonus un autre mur dont j'avais sondé létat et avec l'exemple de pierre avec tous les dépots possibles et imaginables ?)






Pour aller plus loin (ce dont je m'occuperais après):
1 seule des 3 pieces du sous sol n'a pas de dalle, 
1 a une dalle ciment pas très epaisse (autour des 1,5 à 2cm d'après un trou.
1 a une dalle qui semble être entre le béton/ciment
le dégagement où l'escalier a été créé a une dalle beton/ciment (non sondé encore)


Voilà, je suis tout ouies pour vos conseils et recommandations