Ma cuvette de toilettes se vide toute seule/l'eau disparaît

Bonjour,

Nous avons acheté une vieille maison il y a 5 ans, qui comprend un étage avec un WC en haut et un WC en bas, ainsi qu'une fosse septique. 
Depuis environ un an, l'eau du WC du bas se vide complètement, uniquement la nuit (environ une fois par mois), et cela laisse une odeur nauséabonde de fosse septique qui envahit toute la maison, au point de nous réveiller. Au réveil, il suffit de tirer à nouveau la chasse d’eau pour que tout rentre dans l’ordre, et le problème ne réapparaît que plusieurs semaines plus tard.

Après avoir tenté diverses réparations (installation d'un clapet absent, nettoyage en profondeur, etc.), sans résultat, nous avons décidé de remplacer le WC complet (semaine dernière), mais cela n’a pas résolu le problème. Nous avons fait vider la fosse il y a environ 6 mois et avons découvert un trou caché par les anciens propriétaires. D’ailleurs, c’est après le vidage de la fosse que l’eau a commencé à disparaître de la cuvette (environ). Il n'y a pas de fuite apparente, la chasse se tire correctement sans soucis. 

Ce qui nous semble étrange, c’est que cela ne se produit que la nuit (entre 21h et 6h), alors qu’il n'y a personne à la maison pendant plus de 10 heures la journée. Et ce phénomène se produit, peu importe la saison/température, que ce soit l'été ou l'hiver.

Avez-vous une idée de ce qui pourrait causer ce problème ?

Merci d'avance pour vos retours.