Isolation avant ou après chape / Pont thermique

Bonjour,
nous aurions souhaité isoler par l'intérieur deux pièces de 15 et 8m². Elles sont actuellement isolées via du polystyrène + placo, rongés par endroit par des souris...
La chape de ces deux pièces est morte, elle s'effrite jusqu'au TMS du chauffage au sol, il va donc falloir les refaire complétement.
Un artisan m'indique qu'il faut faire l'isolation et placo AVANT de refaire la chape pour éviter tout pont thermique. Mais celui-ci n'étant pas dispo avant plusieurs mois, cela nous laisse avec une pièce en chantier/chape trouée en attendant. Par ailleurs, le plafond est à refaire aussi car on voit de l'humidité apparaître au niveau des rails de placo indiquant des ponts thermiques.
Est-ce qu'il vous semble primordial de faire l'isolation avant la chape ? j'imagine que toutes les personnes qui refont leur isolation intérieure ne pètent pas leur chape à chaque fois... comment éviter les ponts thermiques ?
J'ai également un point qui m'inquiète, c'est qu'un tuyau d'arrivée d'eau en cuivre passe dans la chape et ressort légèrement en apparence. Est-ce normal qu'il soit là et est-ce que je peux le recouvrir avec la nouvelle chape (cf. photos: le tuyau de la deuxième photo provient a priori du tuyau de la première qui passe dans la chape et sous la cloison) ? 
Merci