Pénalités de retard

Pour la construction de 2 maisons mitoyennes, j'ai signé avec un courtier en travaux pour la partie hors d'air hors d'eau seulement, soit la société Illico Travaux en fixant un délai d'environ 3 mois (sans l'avoir spécifier par écrit),soit une fin de chantier hors d'air hors d'eau prévu fin août.
A ce jour, la maçonnerie est quasiment finie mais le chantier a pris beaucoup de retard (début de la maçonnerie mi juin) et un premier rappel par courrier avec AR à été envoyé fin août au maçon en lui spécifiant qu'il devait rendre le chantier au 14 juillet (sur la base d'un contrat oral entre le courtier et le maçon) mais que l'on prenait en considération les intempérie soit qu'on lui appliquerait des pénalités de retard de 200 €/jour à partir du 25 août seulement .

1) Quel est la valeur juridique de ce courrier avec AR dans le cas ou aucun délai de chantier n'a été fixé dans le contrat de marché avec le maçon? Le courtier m'assure que ce courrier est tout a fait valable et applicable a posteriori au vu du retard pris et qu'il fait office dorénavant de délai d'éxecution puisque le maçon n'a pas répondu ni contredis au courrier par écrit .
2) Dans le cas ou le courrier avec AR fait effectivement office de délai de réception, comment appliquer et retenir les pénalités de retard au vu de la somme qu'elles représentent?
3)J'ai constaté dernièrement qu'il manque 10 cms en longeur au niveau du garage soit 5.9 mètres au lieu des 6 m prévus sur le plan. A quel moment faut-il le spécifier au maçon en sachant qu'il n'est plus possible de casser pour rattraper l'erreur? Cela peut-il faire l'objet d'une retenue financière? si oui, comment évaluer son montant?

Merci pour vos réponses .