Appel de fond Hors d'air avec 'retenue' sur ce qui n'est pas fait

Bonjour,
Nous avions reçu fin juillet l'appel de fond Hors d'eau.
CTVL étant fermé pour cause de vacances et aucune visite de chantier n'était possible.
Nous avions fait une LRAR indiquant qu'on ne pouvait donc valider cette étape.
En retour, nous avons reçu quelques semaines plus tard, un appel de fonds pour le hors d'eau ET le hors d'Air alors que cette dernière phase n'était pas terminée (manquait une porte de service du garage, la porte sectionnelle du garage (attenant à la maison), et une fenêtre Oeil de boeuf).
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Nous avons eu une visite de chantier le 24/08, et nous avons réglé la partie de l'appel de fonds Hors d'eau (nous avons découvert nous même 2 mois + tard qu'il manquait des pièces d'étanchéité des toitures plates (...), le CDT ne nous avait bien sur rien dit, et comme on n'avait plus accès à l'intérieur de la maison on ne pouvait le voir d'en bas).
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Aujourd'hui, alors que j'ai remonté une liste de "réserves" longue de 5 pages à CTVL en LRAR, le PDG m'écrit le 30/11/2015 en LRAR que :
- Que compte tenu de mes exigences (= réalisation des travaux tels que spécifiés sur les plans, la notice descriptive, le CCMI, le permis de construire, le PLU, les DTU et les conventions signées avec les voisins pour lesquels CTVL a fait des ânerie impactant leur terrain), il faudra nommer un arbitre à frais partagé
- Que l'oeil de boeuf "étant maintenant posé " qu'il me demande de payer l'appel de fond n°7 (hors d'air) dû. (il m'indique entre parenthèse, que l'absence de l'oeil de boeuf ne représentait pas un appel de fonds anticipé et que j'aurais pu déduire la somme de 3000 euros)
  => Or, cette fenêtre n'est toujours pas montée au 08/11/2015 !
  => De plus, la porte de service du garage a été mise en place avec des brides métalliques "d'attente" mais elle ne peut pas être ouverte
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Mes questions sont:
- Un constructeur peut-il nous obliger à régler un appel de fonds "partiel" comme indiqué dans ce courrier ? (voire, est-ce que c'est légal ?)
- Si les ouvrant sont "positionnés" (maintenus en place mais pas fonctionnels), faut-il considérer que la phase Hors d'air est atteinte ET régler l'appel de fonds correspondant ?

Merci,