Remise en cause conformité travaux par mairie

Bonjour,
mon père a construit un carport de 6x5m devant sa maison avec depot de permis accordé. Une fois le carport terminé, il a déposé la déclaration de fin de travaux et obtenu le certificat de conformité suite au passage de la mairie (mai 2013). Entre temps, il a commencé par fermer sur 2 cotés avec des clostrats (peint meme couleur que le carport). Pensant que c'était démontable pas de pb.  Un an apres, il ferme le derriere et met des portes de garage.
Mais il vient de recevoir un recommandé lui indiquant que la fermeture du carport nécessite une autorisation (voir un dépot de permis). Mais aussi que le carport sera mal implanté et pas aux dimensions du permis (malgré la conformité reçue).
Il a rendez vous semaine prochaine pour voir la personne de l'urbanisme.
Est ce à votre avis juste une histoire d'impots et pourra faire une demande pour la fermeture ?
Peuvent ils lui faire démonter son carport alors qu'il a la conformité des travaux.
Merci d'avance