Problème avec le constructeur. Besoin des conseils. (Haute Savoie)

Bonjour, 

je suis à la recherche des conseils concernant un problème avec le constructeur.

Je ne veux pas faire de bonne ou mauvaise pub, donc je ne nommerais pas le nom du constructeur. 

Voici la prémisse. 
A 15j du début de la construction, la Mairie ferme le chantier car la construction ne correspond pas au projet du permis. En effets il y a eu un erreur de la part du constructeur dans la prise des mesures. La partie de la maison construite à ce moment là (vide sanitaire et sou-sol) est à une hauteur supérieure (environ 70 cm) de celle prévu sur le plans du permis de construire. 
Du coup le constructeur il s'est vite mobilisé: il a admis son erreur, il est allé à la Mairie, et il nous a refait des nouveau plans en modifiant la pente du toit. Il nous a garanti que cela aurait été la seul modification, et que la maison aurait gardé la même superficie et la même hauteur des plafonds. Malheureusement, une autre modification est apparue, notamment des marches au niveau de la terrasse, que nous ne voulons pas. Mais le constructeur nous a dit que pour cela il n'y aurait pas de problèmes, et qu'ils ne vont pas les faire.
Par la suite les travaux ont pu reprendre assez vite, et aujourd'hui les grands ouvres sont terminée, ainsi que la charpente. Portes, fenêtres baies vitrées sont montées. Actuellement ils  sont en train de faire l'isolation interne et les cloisons. 

Voici mon problème
Lors d'une visite au chantier cette semaine (la 2ème dès le début des travaux), nous apprenons que, en effets au niveau des plafonds il y a quelque soucis: si nous voulons garder la même hauteur on ne peut pas cacher tous les poutres. Evidement cela n'est pas prévu sur les plans.  En plus, dans deux pièces, les poutre traversent la chambre. Ce que nous oblige à repenser à tout l'aménagement et finalement l'hauteur du plafond et des superficie utilisable changent. 

On nous a dit que c'est problème n'était pas prévisible, est-ce que c'est possible? 
Pouvons nous faire confiance à un architecte qui n'arrive pas à prévoir une chose pareille? Devons nous mettre en discussion tout le projet?
Nous avons aussi peur que, le constructeur puisse nous mettre devant à des autre conséquences inévitables, à la dernière minute. 
Il y a une façon de se protéger contre ces surprises? 

Merci à tous ce qui auront envie de lire et répondre.