Comment est estimé le coût des réserves formulées lors de la remise des clés ?

Bonjour à tous,
Nous approchons du terme de notre construction et seront bientôt amener à payer les 95%.
Afin de préparer au mieux la remise des clés, nous nous interrogeons sur les réserves.
En effet, certaines d'entres elles ne seront pas "rattrapables" par le constructeur. C'est le cas par exemple, du plancher chauffant, dont les plans n'ont pas été tout à fait respectés et le "pas" à certains endroits qui s'élève à environ 40-50cm alors qu'il devrait être de 20cm. De plus, des nourrices ont été ajoutées dans l'entrée au niveau d'un dressing sans avoir été informés (sur le plan, les nourrices étaient présentes uniquement dans le cellier près de la PAC). Au delà de l'esthétisme, cela va nous obliger à adapter notre dressing et surtout à le découper dans toute sa partie basse pour que le fond du meuble puisse se positionner contre le mur... La reponse du constructeur : "on n'avait pas le choix vu la longueur de la maison. Vous n'avez qu'à mettre des étagères avec des portes coulissantes".
Autre exemple : lors des fondations, certaines ferrailles des semelles ne tombaient pas en face des rangs de parpaings. Ils les ont tordus pour les faire rentrer dans les poteaux raidisseurs. D'ailleurs, sur ce même point, de nombreux poteaux raidisseurs ne sont pas très bien alignés voire partiellement bouchés. Nous avons alors de sérieux doutes quant à leur remplissage en béton sur la totalité.

En plus des réserves plus classiques (gouttière à changer, tuiles à reprendre, menuiseries abîmées...), nous allons donc signaler ces éléments dans le PV lors de la remise des clés.
Sachant qu'il ne sera pas possible de "réparer" les deux points cités en exemple ci-dessus, comment va se passer la suite, notamment au niveau des 5% qui seront certainement consignés ?
Le "préjudice" ou la malfaçon doit elle être estimée ?
Je vous remercie par avance pour vos retours sur expérience.