Garantie remboursement et dépot de garantie

Bonjour,
dans le cadre d'un CCMI, nous avons fait un chèque de 3% à la signature du contrat. ce chèque n'a pas été encaissé. Je pense qu'il doit correspondre à un dépot de garantie.
J'avais compris que ce chèque devait être déduit des premiers appels de fond. Cela n'a pas été le cas: nous avons payé les 15 premiers % à l'ouverture de chantier au lieu de 12%.
Quand j'ai demandé au CST si c'était normal, il m'a dit que ce chèque nous serait rendu en fin de chantier.
Je trouvais ça un peu bizard, mais j'ai fait confiance à mon CST.
Maintenant, ce n'est plus vraiment le cas, et je me demande si ce chèque ne doit pas m'être rendu. Sur le contrat, est coché la case "garantie de remboursement, montant de l'accompte versé: XXX euros"

A votre avis: est ce que le CST a le droit de conserver ce chèque.
Si quelqu'un a déjà rencontré cette situation, merci d'avance de vos conseils.