PC et permis modificatif : ancien ou nouveau réglement ?

Bonsoir,
Je vais essayer d'être claire .

Je suis en train de rénover une maison située en zone agricole.
J'ai obtenu en décembre 2010 un certificat d'urbanisme autorisant la rénovation de l'ancienne maison et la création d'une extension à usage de garage. Il était bien précisé que seule la partie existante pouvait faire l'objet de l'aménagement d'un logement.

J'ai obtenu un permis de construire pour ces travaux en avril 2011.

Les travaux avançant nous avons pensé judicieux d'ajouter une fenêtre au garage et de cloisonner le garage nouvellement construit pour en faire une partie garage à vélo et une partie chaufferie (sur les conseil du chauffagiste qui préconisait qu'elle soit isolée)

A la mairie, il nous avait été conseillé la fin des travaux pour faire la demande de PC modificatif afin de ne faire qu'une seule demande.

J'ai donc déposé la demande en mai 2012 (une fois les travaux faits).

Mais voilà que je viens de recevoir un courrier me demandant de remplir sur le CERFA la surface de plancher et la surface taxable. Je ne l'avais pas complété puisque à mon sens elle ne changeait pas.

Ma question est donc celle-ci :
La chaufferie est - elle considérée comme faisant partie du "logement" ?
Avant, non, puisque non comprise dans le calcul de la SHON, mais maintenant qu'elle fait partie de la surface de plancher ?
Avais-je le droit de la faire dans le garage nouvellement construit alors qu'il était spécifié sur le CU que seule l'ancienne maison pouvait faire l'objet des travaux de réaménagement d'un logement ?

Enfin dernière question : un garage à vélos et matériels de jardin est-il considéré comme un garage ?

Merci