Problème Permis de construire (Yvelines)

Bonjour,

Nous avons un gros problème de permis de construire et respect du PLU. Pourriez-vous me dire ce que vous en pensez ?

NOus avons achetez une petite maison que nous avons voulu agrandir d'une trentaine de mètres carrés.
Nous avons fait appel à un architecte qui a réalisé des plans, suivi le dépôt et l'obtention du permis de construire à la mairie. Jusque là, tous allait bien ou presque... Nous nous sommes passé des services de l'architecte pour le suivi des travaux. Ce qu'il a très mal pris.
L'extension est aujourd'hui sortie de terre mais un voisin a déposé une plainte auprès de la mairie car il l'a trouvait trop haute.
La mairie s'est déplacée et est d'accord avec ce fameux voisin.
Le problème est que nous ne sommes pas d'accord avec les mesures de la mairie. En effet, elle ne prend pas la même "référence" de terrain naturel (devant la maison ou derrière la maison) que ce qui est indiqué sur les plans du permis de construire. Du coup, la mairie nous indique que nous avons construit 1m80 de trop en hauteur alors que nous avons réellement fait une erreur de 60 cm.
De plus, ils nous demandent de déposer un permis modificatif alors que le PLU à changé entre temps et que notre construction n'est plus "valide".

Que faire ?

Si la mairie reste positionnée sur cette hauteur, l'architecte peut-il être tenu pour responsable de l'erreur figurant sur le permis de construire ?

Merci d'avance pour votre aide.