Modification de permis et poursuite des travaux (Hautes Pyrenees)

Bonjour

J'aurais une demande d'informations concernant le déroulement un chantier en cours, s'agissant d'un batiment industriel (env. 2000 m²) 

Le permis de construire a été validé il y a un peu plus d'un an

Les travaux ont commencé en juillet

Nous avons depuis modifié les plans d'exécution, à savoir les modifications suivantes : 
-légère rotation du batiment et décalage de 2 m
-création d'un logement de fonction intégré au batiment principal
-ajout de quelques places de parking

L'ensemble de ces éléments respecte les plans d'urbanisme de la commune et de la zone d'activité

La demande de modificatif de permis de construire a été déposée cette semaine, sachant que les travaux se poursuivent, sur les plans du modificatif et non sur les plans du permis initial (rotation + déplacement de 2 m)

Ma question : 
-Est ce que cette démarche est risquée ? devrions-nous stopper les travaux en attendant les 3 mois de validation du modificatif ? L'architecte nous dit que nous sommes sur une procédure "normale" et que les travaux doivent se poursuivre pendant la validation du modificatif...
-Le modificatif sera-t-il accepté ? ou les modifications sont-elles trop importantes pour être validées sur un simple modificatif ? 

Dans l'attente de vos réponse, merci beaucoup pour votre aide!