Plans de façade pour permis de construire

Bonjour, en vue d'une surélévation de garage, je dessine les différents plans pour le permis de construire.
Le problème que je rencontre est que la base du garage est de forme trapèzoidale. Ainsi, le faitage ne sera pas parallèle à une des 2 façades.
Lorsque je dessine les élévations, le faitage est horizontal, mais pas la gouttière.
L'entreprise qui va réaliser la toiture m'a dit qu'ils vont rattraper ce décalage.
En revanche, quelle hauteur dois-je indiquer pour le permis de construire ? La plus haute ou la moyenne des 2 ?
Merci par avance pour votre aide.