Comment calculer la retenue de garantie en marché privé ?

Bonjour,

Lors de mes envoies de situations de travaux au maîtres d'œuvre, je les envoie toujours de la sorte : 

1) Montant des travaux exécutés 10000
2) – Prorata (1%) 100
3) = Total Exécuté 9900
4) – Retenue de garantie (5 %) 495
5) = Net à payer 9405

Ici la retenue de garantie se fait sur la somme où le compte prorata a déjà été enlevé. 50% du temps pas de problèmes, 50% du temps les maîtres d'œuvre me renvoie un message me disant que nous n'avons pas les même montant finaux. Apres analyse leur cheminement est le suivant : 

1) Montant des travaux exécutés 10000
2) – Prorata (1%) 100
3) – Retenue de garantie (5 %) 500
4) = Net à payer 9400

Le prorata et la retenue de garantie sont retirés au même moment. 
Qui à tord, qui à raison et pourquoi ?

Ci-joint l'extrait de loi qui réglemente la retenue de garantie.