Conformité, nombre de logement et conséquences

Bonjour à tous,

Lorsque nous avons déposé notre permis de construire, nous avions prévu de réaliser une maison individuelle dont une partie serait dédiée au beau-père qui vit avec nous.

Le permis a été accepté (1 logement déclaré) et nous avons réalisé les travaux, sauf que lors de la construction, nous avons décidé de fermer la partie dédiée au beau-père.

Aujourd'hui, nous avons reçu la non conformité pour cause de déclaration d'un seul logement au PC et que la construction en comporte deux.

Je ne vois pas ce qui peut faire dire à la personne ayant fait la visite de contrôle de l'extérieur qu'il y a 2 logements au lieu d'1, car de l'extérieur nous avons respecté le PC déposé.

En soit cela ne nous dérange pas de devoir déclarer la réalité, mais quel seront les conséquences de la déclaration de 2 logements ?
Le PLU nous impose 2 places de parking par logement, donc dans ce cas il va nous falloir déclarer 4 places de parking au lieu de 2.
Au niveau des impôts, cela aura un impact ? Taxe foncière ? Taxe habitation ? Taxe aménagement ?
D'autres conséquences ou implications que nous n'aurions pas prévu ?