Surélévation - fin de construction - chantage

Bonjour,

Depuis de nombreux mois que je lis ce forum, extrêmement fourni et instructif, je me lance pour un premier message, malheureusement dans la catégorie problème avec mon constructeur.

Voici l'historique:
Nous faisons faire une surélévation de 4 chambres et 2 salles de bains au dessus de notre maison de plain pied.
Nous signons un contrat avec une société spécialisée en surélévation, pour un chantier qui doit durer entre 4 et 5.5 mois.
Début des travaux début décembre 2013.
Les travaux se passent plutôt bien pour le gros oeuvre, puis arrive le second oeuvre et les ennuis commencent.
Je vous passe les détails, fin mai 2014, on arrive au bout du délai de 5.5 mois, et reste encore beaucoup de choses à faire.
En gros, la société a laissé trainer des problèmes, nous laissant sans nouvelles pendant parfois plus d'un mois...
Bref.
Fin juin le crépis est réalisé, ainsi que la pose de volets.
Début juillet, réunion avec le patron pour faire la réception. On liste toutes les réserves, qu'il s'engage à réparer et on décide de consigner environ 2% du projet pour ce qu'il reste à faire. Le patron s'engage à ce que les réserves soient levées dans le mois (donc pour fin juillet 2014), et on lui dit que si c'est le cas, on ne lui appliquera pas les pénalités de retard prévues dans son contrat.
Juillet, rien ne se passe.
Aout rien ne se passe.
Un ouvrier vient fin septembre reprendre quelques désordres.
Puis dernière intervention vendredi dernier, le 17 octobre 2014, donc.
Malgré quelques points encore en suspens, on considère de notre côté que le chantier est clos.
Toutefois, nous avons informé le patron de la société que nous allions appliquer les pénalités de retard, car nous sommes maintenant à 5 mois de retards par rapport au délai initial prévu de 5 mois, et que ca n'est plus possible. Nous ne pouvons toujours pas habiter dans la surélévation car nous attendons pour poser le parquet, que toutes les interventions soient terminées.

Et c'est la qu'arrive ma question:
Le patron en question, nous menace aujourd'hui, que si on ne lui règle pas le solde (les fameux 2%), il n'appliquera aucune garantie à notre projet en cas de problème, et qu'on pourra même l'assigner au tribunal, il ne bougera pas un orteil pour notre projet.
Et la, je fais quoi ???

Pour nous, il est hors de question de régler ces 2% (qui représentent environ 1800€) compte tenu de la situation.
Mais que faire devant ces menaces ?
On a signé un contrat avec une décennale... Si on a un problème avec un équipement ou avec la structure, on fait quoi ?

Merci de vos pistes. Et si vous voulez des preuves, des photos, des scans des contrats, pas de souci.

Merci d'avance !
Marguerite