Fin de chantier CCMI : contestation de date de livraison contractuelle

Bonjour à tous,
Nous arrivons mon conjoint et moi dans la phase finale de la construction de notre maison. C'est malheureusement à ce stade que nous découvrons d'une part l'univers malsain de certains constructeurs et surtout une situation malignement anticipée par la société de construction pour se garder du temps pour finir la maison sans avoir à payer les pénalités de retard.
Je raconte notre histoire et replace brièvement le contexte:
- ouverture du chantier le 24/12/2015
- pour leur faciliter l'existence, nous acceptons, à leur demande, de faire installer un col de cygne (à notre charge donc).
- réception en février 2016 d'une lettre recommandée avec accusé de réception (LRAR) nous signifiant que le chantier est suspendu du fait de "l'abscence d'accès à l'eau" alors que le compteur d'eau est ouvert depuis novembre 2015.
- divers RDV de chantier avec constatation de plusieurs petits défauts et un énorme problème de maçonnerie qui a nécessité la visite du bureau d'études béton et la mise en place de préconisations de celui-ci. Nous avons reçu par mail une attestation certifiant que ces préconisations ont été mises en place. La résolution du problème de maçonnerie a provoqué un retard considérable sur le chantier. De plus, nous pensons que le licenciement du CDT durant cette période n'a fait qu'empirer le retard. Nous nous sommes dit que malgré ce retard, ils vont tout de même honorer le contrat et finir la maison à temps...
- nous apprenons presque par hasard (suite à une demande de rendez-vous de chantier de notre part en décembre 2016) que du fait de la suspension de chantier, la date de réception est reculée de 6 semaines. Nous n'avons toujours pas à ce jour un document écrit nous informant de cette nouveauté... Ces 6 semaines correspondent au laps de temps entre la date à laquelle ils ont envoyé la LRAR et la date de reprise des travaux (temps pendant lequel ils ont attendu le col de cygne leur permettant d'accéder à l'eau).

Nous sommes convaincus qu'en réclamant les pénalités de retard nous sommes dans nos droits.
Nous avons reçu l'appel de fonds des 95% le 23 dévembre, date qui n'a pas été sans doute pas été choisie au hasard (veille de la date de réception initiale). Dans notre malheur, nous avons réglé ces 95%. J'étais à la maternité à cette période et dans l'euphorie liée à la naissance de notre fils, nous avons baisser nos gardes et n'avons pas pris la peine de nous renseigner sur ce dernier appel de fond ni n'avons fait de visite de chantier.
Car bien évidemment, la construction se finalise mais n'est pas finie (après le paiement des 95% il restait les faïences, plomberie, motorisation du garage, défaut d'isolation sur une fenêtre, pose toilettes etc).
Nous avons envoyé à notre tour début janvier une LRAR leur demandant qu'ils justifient par écrit la validité de leur propos faute de quoi nous réclamerions ces pénalités. A ce jour, notre demande est restée lettre morte.
Alors qu'on nous a fait miroiter des visites de préréception avant Noël lors du rendez-vous de chantier de décembre dernier, nous n'en avons aucune de prévue et le conducteur de travaux ne répond pas à nos demandes.

Quels sont vos conseils concernant cette situation?
Pouvons nous espérer trouver le moyen de percevoir ces pénalités sans passer par la case tribunal?
Sinon, peut-on déduire les pénalités de retard des 5% restants? J'ai lu des témoignages à ce sujet sans finalement bien comprendre si oui ou non c'était possible légalement.

Merci pour vos éclairages.