Modification déclaration préalable de travaux (fenêtres)

Bonjour,
Il y a un mois nous avons déposé une déclaration préalable de travaux pour un changement de fenêtres. Le matériel PVC a été accepté mais dans l'arrêté l'architecte de bâtiment de France a émis une restriction (respect des vantaux existants).
Dans notre projet nous souhaitons modifier le nombre de vantaux.
Après appel auprès de l'udap (bâtiments de France) l'architecte nous informe que si nous déposons une nouvelle demande il ne s'opposera pas à la modification des vantaux.... l'arrêté étant établi par la mairie, celle ci peut elle s'y opposer ? Comment faire modifier un arrêté ?
La conformité est très importante pour nous car c'est dans le cadre d'un dossier anah et que celui-ci ne pourra pas être agréé si l'arrêté ne correspond pas exactement au devis.