Des trous dans les poutrelles : comment arranger ça ?

Bonjour à tous !

Il y a un peu plus d'un an, ma femme et moi emménagions dans notre nouvelle maison, construite en 1989. Après un hiver difficile, où nous avions peiné à nous acclimater à un froid auquel notre ex-appartement ne nous avait pas habitués, nous avons décidé de mener une réflexion sur l'amélioration de l'isolation.
Et c'est à ce moment qu'une de nos proches nous parle d'un site qui propose la fameuse isolation à 1€, à laquelle je ne croyais pas des masses. Mais le plus important pour moi était surtout de ne pas me faire extorquer de l'argent pour rien, donc à partir du moment où j'étais sûr qu'un travail allait être fait et qu'on ne me demanderait pas plus qu'un Euro, je me suis naïvement dit que j'allais tester.

Spoil alert : c'était une erreur de ma part....

Notre maison repose sur un sous-sol, lui-même surmonté d'un plancher constitué de poutrelles et d'hourdis. Les deux ouvriers de l'isolation sont venus installer un isolant sous ce plancher (donc sur le plafond du sous-sol). Ils ont utilisé pour cela un isolant Tetris Super 8, qu'ils ont fixés au pistolet à clou.

Evidemment, je venais d'acquérir ma première maison, je n'avais pas d'expérience en isolation, pas de notion en bâti, je n'y connaissais rien, et mon avis était aussi biaisé par l'hiver compliqué dont on sortait. Donc j'ai fait confiance.
Seulement voilà : ces andouilles ont par moments cloutés sur.... les poutrelles. Ce qui a, de temps en temps, causé des "étoiles" (en fait des fissures autour du clou, donc). Sur le coup, ça m'a inquiété bien sûr, et j'ai demandé si ça posait problème. Mais ils m'ont assuré que non, donc, à nouveau, j'ai fait confiance.

Mais un an plus tard, avec le recul, l'expérience, l'information, une meilleure connaissance en bâtiment et une meilleure connaissance de ma maison, je sais désormais que c'étiat du travail de cochon et qu'ils m'ont fligué mes poutrelles !

Du coup, ma question : est-ce qu'il est possible d'arranger ça ? Et comment ? J'avais pensé à un mortier de scellement pour combler les trous dans les poutrelles touchées ; est-ce que ça marcherait ?

A noter : pour le moment, je n'ai pas retiré l'isolant qui m'a été posé. Mais je pense le faire plus tard, quand j'attaquerai l'aménagement du sous-sol, dont la pose d'un plafond.
Si c'était à refaire, je ne le referai pas. Surtout que mon sous-sol est semi-enterré, et que je ne réalise que plus tard que le froid ne viendrait pas forcément de là... Mais bon, voilà, le manque d'expérience et la crainte des basses températures ont eu raison de mon discernement.

Merci pour vos avis et éclaircissements ! ;)