à quel moment payer les avenants ?

Bonjour, 

je me tourne vers vous car je me sens bien dépourvue, seule, face à la malhonnêteté de mon constructeur. 
Nous avons signé des avenants (1700 €HT à mon avantage pour différents points retirés du CCMI).
Il m'a été dit que ces avenants seraient calculés à la fin du paiement alors que sur différentes discussions, je constate que les avenants sont intégrés aux  différentes échéances.

J'ai reçu le dernier appel de fonds des 95 % bien que les travaux ne soient pas achevés et sans que les avenants ne soient intégrés. Je ne l'ai pas réglé à ce jour.

Suis-je en droit, au moment du règlement des 95 %, de  déduire le montant des avenants du paiement ? 
Puis-je également déduire les pénalités de retard des 95 % ? 

Si ces sommes ne sont pas déduites, les 5 % restants se réduiront à 500 € et je n'aurai donc plus de réserve.

J'ai également des malfaçons non contractuelles : conduit de cheminée mal posé, murs plus petits que sur les plans (perte de O,90m2 sur la surface totale). Quel recours auprès du constructeur dans la mesure où une intervention d 'artisan n'est plus envisageable ? J'ai demandé un protocole de compensation depuis le mois de novembre, mais je n'obtiens rien d'écrit malgré mes nombreuses relances.

Merci d'avance de l'attention que vous porterez à ce message.