Litige - Erreur hauteur surélevation

Bonjour à tous,

J'ai fait réalisé une surélevation (partielle) de ma maison par un contractant général, en "clos couvert + plomberie et chape" pour 75k€

Après la pose de la charpente j'ai constaté une différence de hauteur, à l'intérieur, importante par rapport aux plans du devis signé; 

Au plus bas j'aurais sous poutre 2m avant chape de 5cm et avant placo (soit 1m90 au maximum fini) à la place des 2m27 annoncé; 2m20 au plus haut (rien d'indiqué sur le devis, mais pente à 7% donc logiquement 2m50); surface au sol de 35m²).
Les coffres de volet roulants (intérieurs) se retrouvent cachés par une poutre.

Les hauteurs et visuels extérieurs sont corrects par rapport à la déclaration préalable de travaux.

Le contractant général valide la différence de hauteur, me dis de continuer le chantier et qu'une remise commerciale sera faite.
Les jours passent, n'ayant pas de nouvelle je refuse de régler l'appel de fond.

Le directeur me propose un rendez-vous, me propose 1000€ et après discussion propose 1500€ et ajoute la prise en charge de la chape (2500€). Ils coupent la poutre (salement) dans le sens de la longueur et propose de faire un surcoffre en bois pour garder l'accessibilité aux coffres en cas de panne.

Quelques jours plus tard je reçois un protocol d'accord transactionnel, me demandant de renoncer à toutes autres indemnités quelle qu'en soit la nature se reportant à se litige ainsi qu'une obligation de confidentialité. Après contact avec un avocat je refuse de signer cet accord.

Entre temps je revois les plans intérieurs, il n'est plus question de passer les gaînes VMC au plafond, cela conduirait à trop de contrainte de circulation, mais plutôt au sol en longeant les murs, sous coffrage conduisant à une perte de m2.

Pendant ce temps le chantier a pris du retard (3 semaines), je vais tout de même isoler semaine prochaine, le conducteur de travaux me demande de contacter le plombier (sous contrat avec le CGénéral) qui me répond que son planning est bouché et ne me donne pas de date d'intervention, ce qui va bloquer le plaquiste ...

J'entreprends donc des démarches avec mon avocat (et huissier) mais je me demande quelle serait une indemnisation "juste" pour les 2 parties, en ayant vaguement l'impression qu'ils vont chercher à m'ennuyer (pour rester poli) vu que je n'ai pas encore réglé le dernier appel de fond et refusé le protocol d'accord.

Merci de m'avoir lu !