Problème alignement Velux

Bonjour,
J'arrive en fin de construction et je souhaiterais connaitre mes droits suite à une erreur de conception de ma maison par mon constructeur. Je précise que je suis en CCMI.
En cours de chantier, le cdt me précise que 2 velux qui doivent être alignés d'après les plans lui posent problème.
En effet, si il les aligne un des 2 velux serait placé trop bas dans la pièce (en gros il serait à hauteur de torse et non du visage). Donc pas pratique et pas esthétique du tout.
Donc il m'a donné la possibilité de remonter ce velux afin qu'il soit correctement positionné dans la pièce. Problème : de l'extérieur (sur la façade avant en plus) les velux ne sont donc pas alignés ...ce qui n'est pas esthétique du tout. Le décalage est de 15-20 cm et comme ils sont l'un à côté de l'autre c'est choquant.

Le constructeur nous a signalé qu'il était impossible de réparer cette erreur du dessinateur et qu'il fallait faire un choix.
Nous avons donc choisi la 2ème solution qui nous paraissait la moins préjudiciable.

Je précise que nous n'avons rien signé ni envoyé de courrier au constructeur pensant qu'on ferait le point à la fin de construction (ce qui est peut-être une erreur à la vue de tous vos témoignages). Malheureusement nous ne sommes pas du tout procédurier.

Aujourd'hui, nous souhaitons discuter avec notre constructeur de ce préjudice.
Que pouvons nous faire ? Une réserve (sachant qu'ils ne peuvent pas tout refaire) ? une négociation financière ?

Merci de vos conseils

Sébastien37