Mairie demande 1 permis modificatif + 1 permis de construire

La mairie demande le dépôt d'un permis modificatif ET d'un permis de construire

Bonjour,

nouvellement inscrit sur le forum, je n'ai pas vu de cas similaires, je me permets donc de vous exposer mon problème.

J'ai un permis en cours de validité (construction d'une maison d'habitation en cours, travaux achevés pour les 3/4).
Je souhaite apporter certaines modifications au permis de construire initial :
- construction d'une extension à la maison d'environ 35 m² (la maison faisait initialement 54 m²).
- pose d'un bardage bois sur l'ensemble du bâtiment (non prévu dans le premier permis).

Etant donné l'importance des modifications, j'ai déposé en mairie, il y a une semaine, un nouveau permis de construire regroupant le projet initial et les modifications.

La mairie m'indique par téléphone qu'il faut que je dépose un premier permis modificatif pour le bardage sur la maison existante, puis un nouveau permis pour l'extension. Ceci étant soit disant une information donnée par la DDT. On me précise que les deux permis peuvent être déposés le même jour.
Je n'ai pour l'instant pas eu d'autres contacts que téléphoniques, aucun courrier officiel ou autre.

Etrange, non ?

Quel serait l'utilité du permis modificatif ? Car de toute façon, le bardage apparaitra sur le permis de construire définitif...

Pour le contexte :
Je pense plutôt que la mairie souhaite me voir déposer un premier permis modificatif, comprenant juste le bardage de la maison actuelle. Modifications auxquelles ils sont favorables (c'est même une requête de leur part que le bardage soit posé très vite (notifié par courrier), la maison en madrier actuelle, bien qu'acceptée dans le permis de construire initiale, ne leur plait pas...).
Par contre pour l'extension, je pense qu'ils n'y sont pas favorables. L'adjoint à l'urbanisme nous a également notifié par courrier qu'il souhaitait que les travaux soit terminés dans les deux mois et menacé oralement sur le terrain je cite "d'envoyer le garde". Donc c'est sur que si je démarre la construction d'une extension, ce n'est pas près d'être fini.
Les travaux ont commencé il y a environ un an et demi, nous avons tout fait avec ma femme (fondation, maison en madrier, ...).

Que pensez-vous de cette demande de leur part de déposer un permis de construire modificatif ET un permis de construire ?
Que me conseillez vous de faire ?
J'ai le récépissé de dépôt du permis de construire, sans réponse de leur part, je construits dans 2 mois, avec un permis tacite ?

Merci d'avance pour vos réponses.

Stéphane