Permis refusé suite à erreur de calcul de la mairie

Bonjour,

J'ai déposé un permis de construire pour la création d'une extension de ma résidence principale.

Nous sommes en zone ABF, les ABF nous ont répondu positivement un mois après le dépôt du permis.
Après 3 mois d'attente, la mairie nous répond par un refus indiquant que notre demande ne respecte pas le PLU en ce qui concerne la limite d'emprise au sol de 40% maximum de la surface du terrain et le minimum d'espaces verts qui doivent représenter 30% de la surface du terrain.

Etonné de m'être trompé sur ces éléments essentiels du permis, je relis le dossier complet je m'aperçoit que l'instructeur à confondu "emprise au sol de la construction existante" et "surface plancher". Il a utilisé la surface habitable de la maison pour faire le calcul d'emprise au sol. La surface plancher étant supérieure à l'emprise au sol de la maison (maison sur plusieurs niveaux) en effet cela fausse le calcul. J'ai vérifié il n'y a pas d'erreur de notre part dans le tableau des surfaces.

J'ai donc tenté de joindre le service et l'instructeur du dossier en vain pour le moment.

Je souhaite avoir votre avis concernant cette situation. Quelle solution adoptée ? Tenter de négocier avec la mairie avec le risque de devoir redéposer un nouveau permis ? Contester la décision dans les deux mois en saisissant un recours gracieux ou devant le tribunal administratif ?

Merci d'avance pour votre aide.