Zone ABF, certificat de conformité, puis travaux?

Bonjour à tous,

Voilà , nous avons pour projet de construire notre maison en Zone ABF.
Seulement, l'architecte ABF nous demande de faire certaine chose qui nous déplaise (Que 3 velux par pan de toiture, pas de modénatures d'enduit, pas de sortit de cheminée en tube mais en maçonné, porte de garage à lames verticales...).

Ma question est la suivante:

Si je fais la maison comme il l'entend, et que j'obtiens mon certificat de conformité, qu'est ce que je risque si je fais le changement ensuite?

   - pas de cheminée sur le permis:                       sorti de mon tube droit.
   - pas de modérateur d'enduit sur le permis:       peindre mes modérateurs
   - pas de velux sur le permis:                             pose de velux
   - pas de porte de garage sur le permis:             pose d'une porte séquentielle a lames horizontales 

Sachant que tout ces changement viendraient après l'obtention du certificat de conformité.

Merci pour vos réponses.