Constitution de permis de construire modificatif

Bonjour,

Nous avons fait construire une maison, livrée en 2017.

Plusieurs éléments restaient à notre charge dont surtout 2 points :
- un appentis (exigé par la mairie pour "habiller" un pignon aveugle) 
- une terrasse sur vide sanitaire

Nous n'avons pas encore déposé de déclaration d'achèvement de travaux !
Pour cela, il faut que les 2 éléments restants soient conformes or :

- l'appentis est légèrement plus grand que celui du permis de construire, principalement à cause du débord des tuiles (à peu près +20 cm de chaque côté). Contact pris avec la mairie, cela ne pose pas de problème si on régularise le permis.

- la terrasse sur vide sanitaire : en gros, nous l'avons laissée à charge client pour faire des économies au moment de la construction, et nous aurions dû demander au constructeur de ne pas l'inclure dans le permis, puisqu'en fait nous n'avons pas vraiment souhaité une telle terrasse sur vide sanitaire (nous envisageons des pavés ou du bois sur plots et lambourdes)

Nous sommes conscients que depuis 9 ans, nous n'avons peut-être pas respecté les règles.
Les causes sont multiples : mauvais conseils, recherches infructueuses d'artisans, incompréhension des règles (à un moment, on avait compris qu'on avait 10 ans pour tout faire), débutants, lassitude, etc.

Nous cherchons donc à régulariser la situation.

Maintenant, nous privilégions la réalisation du permis modificatif par un professionnel, pour avoir un dossier nickel. 
Nous en avons contacté 2 dans notre ville, un seul a répondu pour le moment (après relance), pour un devis à 1000€. Débutants que nous sommes, nous trouvons cela vraiment très cher. Est-ce un tarif raisonnable ?

De plus nous avons la crainte que notre permis ne soit plus valide et que la possibilité de faire un permis modificatif ne nous soit pas autorisée.

A partir de ces quelques éléments, comment régulariser simplement ? Peut-on faire valoir notre bonne foi ?

Si la modification de permis est une vraie piste, pour agrandir un élément et en supprimer un autre, aucun n'étant structurant, faire appel à un pro est-il nécessaire ?

Et enfin, est-ce qu'on se pose trop de questions ?

Merci beaucoup